Afin de garantir un produit sain et la prise en compte afférant à chaque produit, il est indispensable que le responsable de la mise sur le marché de denrées passe par l' analyse microbiologique de ses produits. Lors de l'élaboration de denrées alimentaires, le développement des micro organismes peut émaner de divers facteurs intervenant dans le procédé de fabrication, que ce soit dans les locaux et conditions ambiantes dans la maitrise des températures, dans les surfaces de travail et procédures de nettoyage, dans l'application des règles de bonnes pratiques hygiéniques par le personnel, dans les méthodes de travail ou encore dans la qualité des matières premières, aussi, il est impératif de respecter toutes les conditions scrupuleusement pour que l' analyse microbiologique ne soit pas faussée. L'objectif de l' analyse microbiologique est de rechercher ou de quantifier un certain nombre de germes indicateurs d'un ou plusieurs problèmes lors du procédé de fabrication ou présentant un danger pour la santé humaine.
La dégradation de la qualité des aliments est un des effets les mieux connus des microorganismes contaminants, sur le plan de la microbiologie des aliments, la qualité des produits alimentaires peut être définie de deux façons, la qualité marchande et la qualité hygiénique. Concernant la qualité marchande, toute alimentation peut être le siège de prolifération microbienne, au cours de cette prolifération, des modifications d'aspect, de texture, de saveur, d'odeur peuvent apparaître, d'où l'importance de la microbiologie des aliments. Quand à la qualité hygiénique, l'innocuitté d'un aliment correspond à une qualité seuil et la norme zéro défaut doit être atteinte pour certains systèmes alimentaires en particulier à partir du moment où la présence du microorganisme dans le produit risque d'avoir une incidence défavorable et parfois très grave sur la santé du consommateur. La microbiologie des aliments est une démarche loin d'être simpliste, elle a pour rôle de vérifier la conformité à des critères microbiologique à travers de nombreuses études.
La sécurité alimentaire est une priorité pour les consommateurs et tient une place de jour en jour plus prépondérante dans les préoccupations, aussi, le laboratoire agroalimentaire analyse tout ce qui est lié au secteur industriel ayant pour objet la transformation, l'exploitation ou encore le conditionnement des produits agricoles en denrées alimentaires destinées à la consommation humaine et animale pour garantir une qualité de produit tant au niveau sanitaire, hygiène, gustatif etc. Les laboratoire agroalimentaire disposent d'équipes de spécialistes à l'écoute des consommateurs et des industriels pour trouver des solutions aux problèmes liés à l'alimentaire, une réelle concurrence existe entre les laboratoires pour proposer des services de plus en plus rapides, efficaces et de proximité. Selon la réglementation en vigueur, les cahiers des charges clients fournis ou encore selon les codes de bonnes pratiques des secteurs d'activité, les laboratoire agroalimentaire interprètent des résultats sur mesure, de plus en plus polyvalents, ils traitent l'ensemble des besoins analytiques des professionnels de l'alimentaire.
